BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR

DIVISION IV BIOTECNOLOGIA

Programa de Doctorado 2006

Módulo de "Modelado molecular y diseño de fármacos"

1. Introducción a la Bioinformática y a las bases de datos biológicos.

2. Estructura y función de ácidos nucleicos y proteínas.

3. Estudio y visualización de estructuras de macromoléculas en 3D mediante gráficos moleculares interactivos.

4. Patrones estructurales en proteínas: motivos y dominios.

5. Comparación de proteínas: secuencia vs. estructura. Alineamientos. Predicción de estructura de proteínas: estructura secundaria, hidrofobicidad, accesibilidad, etc.

6. Modelado de proteínas por homología, técnicas de enhebrado ("threading") y métodos ab initio. Métodos mixtos. Evaluación de métodos: CASP, CAFASP, EVA, LiveBench, etc

7. Movimientos en proteínas. Métodos de estudio: GNM, DynDom, etc

8. Reconocimiento de ácidos nucleicos por proteínas y pequeños ligandos.

9. Modelado de ligandos. Interacciones ligando-proteína. Métodos de acoplamiento ("docking"): manual y automatizado. Ejemplos.

10. Tipos de fármacos y receptores farmacológicos.

11. Interacciones y ensamblado ("docking") proteína-proteína.

12. Campos de fuerzas. Fundamento de las técnicas de simulación mediante dinámica molecular. Aplicaciones y ejemplos.

13. Relaciones cuantitativas estructura-actividad (QSAR), 3D-QSAR y quimiometría.

14. Cribado virtual de quimiotecas frente a una o varias dianas. Diseño de novo.