Problemas con Chime y Protein Explorer
Aquí puede encontrar algunos enlaces para Instalar Chime y para Netscape 4.8x.

¿Cuándo necesitará la información sobre los problemas que encontrará a continuación? Cuando Protein Explorer considera su buscador compatible, e intenta iniciar (Ud. ve los tres marcos, uno de ellos llamado "Vista Preliminar"), pero no aparece ninguna molécula. O bien cuando Ud. ha instalado Chime, pero no aparece ninguna molécula en los sitios web que utilizan Chime. O también cuando un sitio web con Chime muestra la molécula, pero los botones de control no muestran las imágenes deseadas (o no funcionan en absoluto).

Iniciar Protein Explorer de forma correcta: Es un error creer que haciendo doble click sobre un archivo PDB, Protein Explorer se abrirá. Existen diversas formas para informar a Protein Explorer qué molécula debe cargar, todas ellas descritas en la Página Inicial; pero haciendo doble click sobre un archivo no funciona. Las instrucciones para descargar una copia de Protein Explorer las encontrará en el sitio de descarga (inglés) o en el sitio de descarga del programa en español. Si bien son instrucciones sencillas, deben seguirse de forma estricta para instalar su copia con éxito.

Este documento utiliza códigos de colores para cubrir las siguientes combinaciones de entornos/buscadores aceptados por MDL Chime 2 y Protein Explorer:

Windows 3.1: Existe una versión de Chime 1.0 (sin soporte técnico) pero Protein Explorer y la mayor parte de los sitios web con Chime recientes necesitan Chime 2.
Macintosh PPC con OS X: Chime no está preparado para funcionar en el entorno OS X . Sin embargo, Netscape 4.8 en el entorno clásico de OS X es compatible con Chime y PE.
Macintosh 6800: Chime 1.0 existe (sin soporte técnico) para Mac 6800 (pre PPC), sin embargo Protein Explorer y la mayor parte de los sitios web con Chime recientes requieren Chime 2.
Silicon Graphics Irix: Puede obtenerse Chime 0.9z (sin soporte técnico) para SGI, sin embargo Protein Explorer y la mayor parte de los sitios web con Chime recientes requieren Chime 2.
Una vista muy simple denominada Primera mirada en Chime, asequible en Protein Data Bank, OCA PDB Browser, and PDB Lite, funciona con Chime 1 (o 0.9z).
Chime 2 solo es asequible para las plataformas Win32 y MacPPC. No es asequible para linux u otras variantes de unix. No obstante, existen soluciones para utilizar Chime en estas plataformas.

Uso de Protein Explorer para diagnosticar problemas en otros sitios web. La mayor parte de los sitios web de Chime no comprueban la compatibilidad de su buscador para asegurar que todo es correcto; sin embargo Protein Explorer sí lo hace. Si consigue que Chime funcione en algunos sitios pero no en otros, intente abrir Protein Explorer (www.proteinexplorer.org), y automáticamente le dirá si alguna cosa de su buscador no funciona correctamente, y cómo arreglarlo. Es posible que no todos los ajustes requeridos por Protein Explorer sean necesarios en el sitio Chime que no funciona. En cualquier caso es una forma simple de identificar posibles incompatibilidades y aprender a arreglarlas. (Protein Explorer requiere Netscape 4.08 o posterior (Win32/MacPPC) o Internet Explorer 5.5SP2 o posterior (Win32 únicamente), con Chime 2 instalado, y con javascript y cookies para java cookies activados.)

Si posee información que pueda contribuir a mejorar este documento, por favor mande un email a emartz@microbio.umass.edu.


Etapas para la resolución de los problemas

  1. Verifique que su buscador es compatible.

    1. Averigüe el número de versión de su buscador.

      Chime NO es asequible para Internet Explorer en Macintosh PPC. Para usar Macintosh PPC tiene forzosamente que usar Netscape.

      Netscape (Windows or Macintosh PPC): Despliegue el menú de ayuda cerca del extremo superior de su ventana (Macintosh: en el extremo derecho de su pantalla.) Seleccione Acerca de Communicator. Con ello se despliega el número de versión.

      Internet Explorer (Windows únicamente): Despliegue el menú de ayuda cerca de la parte superior de su ventana Seleccione Acerca de Internet Explorer. Observe el número de "Versión" y (línea superior) las "Versiones actualizadas" número SP (Service Pack).

    2. Netscape: 4.8x, la última versión en la serie 4.8, le dará los mejores resultados. La serie 4.7 funciona bien en principio. Si posee una versión en el rango entre 4.1 y 4.6, actualícela a la 4.8x. Aquí puede encontrar instrucciones para encontrar buscadores 4.8x "Communicator" en el sitio web de Netscape.

        Las versions 6 y 7 no funcionan con Chime (o su instalador). Resulta extraño cómo Netscape sacó la versión 6 sin soporte de plugin. Este problema parece haber sido solucionado con Mozilla y Netscape 7.1, pero como el instalador de Chime no los reconoce, Protein Explorer no es compatible con ellos.

    3. Netscape 4.08 funciona también correctamente en la mayor parte de los sitios web de Chime. Funciona bien con Protein Explorer. Algunos ordenadores de los laboratorios no son compatibles con Netscape 4.7x/4.8x y todavía usan 4.08. Si posee una versión inferior a 4.08, actualícela a 4.08 o, mejor aún, instale la 4.8x. (si funciona en su sitio web)

    4. Internet Explorer: La única versión que podemos garantizar que funciona es 5.5SP2 o posterior, sin embargo recomendamos 6.0 SP1 o posterior. Algunas versiones anteriores funciona (a veces sólo parcialmente) con algunas versiones de Chime en algunos sitios web. El número de posibles combinaciones es muy alto, y nadie puede dedicar tanto tiempo a comprobar todas las combinaciones para todos los sitios web. Si no quiere problemas, actualice su versión a 5.5SP2 o posterior. (En su versión actual de Internet Explorer, abra el menú de herramientas, y seleccione actualización de Windows).

        (En la versión IE 5.5SP2 puesta en circulación en el verano de 2001, Microsoft eliminó el soporte parcial "Netscape plugin" que se encontraba en la versión 5.5SP1 y anteriores. Chime es un pluguin de Netscape , de forma que no funcionaría en absoluto en 5.5SP2. Afortunadamente, MDL produjo y distribuyó Chime 2.6SP3 en otoño de 2001, capaz de funcionar con IE 5.5SP2.)

    5. No hay ningún problema en tener LOS DOS Internet Explorer y Netscape instalados en su ordenador. No interfieren uno con otro, y pueden funcionar de forma simultánea. Tampoco existe problema en tener múltiples versiones de Netscape instaladas (en diferentes directorios/carpetas). Desafortunadamente, las versiones IE 5.5 y posteriores no permiten tener instaladas versiones anteriores de IE (a menos que desinstale la última versión).

  2. ¡Desactive los bloqueadores de los "Pop-up" (páginas que se abren sin que se solicite)! PE necesita abrir muchas ventanas para funcionar corerectamente. Si posee un programa que bloquea estas ventanas, PE no puede funcionar, a menos que se dé permiso para abrir ventanas, o que desactive este programa. El signo inequívoco de que tiene instalado un bloqueador "pop-up" es que al hacer click sobre ATP muestra la molécula en Chime (marco MDL en el extremo inferior derecho), PE informa que su buscador es compatible, y a continuación no ocurre nada (PE no aparece porque está intentando abrir una nueva ventana).

  3. Está Chime realmente instalado en su versión? (Puede ocurrir que el instalador de Chime le informe de que la instalación ha sido 'successful completion' (exitosa) sin que Chime se haya instalado donde Ud. quería)

    1. Test funcional. Vaya a esta molécula de ATP. Su ventana debe ponerse negra, aparecerá el logotipo de "MDL" en el extremo inferior derecho de su ventana, y la ventana de ATP debe aparecer.

      • Si la molécula y el logotipo de MDL no aparecen, puede que Chime no esté instalado.

      • Si aparece una imagen molecular no Chime (se ve la molécula pero no aparece el logotipo MDL en el extremo inferior derecho), puede que Chime esté instalado pero desactivado en favor de otro programa de visualización molecular. En cualquier caso, siga leyendo.

      • Si al hacer click sobre ATP se abre un diálogo sobre la descarga del archivo atp.pbd (debe ser .pdb) y aparece ChimeShimLibrary, necesita actualizar Chime a Chime 2.6 SP6 (o posterior).

    2. Netscape "test ácido": Despliegue el menú de ayuda y seleccione Acerca de los conectores ("Plugins"). Si Chime no está en la lista, no está instalado para esta versión. (Puede que esté instalado para otro buscador de su ordenador, u otra versión de Netscape -- pero no para la que está Ud. usando)

        Por desgracia Internet Explorer carece de cualquier tipo de visualización relativa a los conectores ("Pluguins").

    3. Cómo arreglarlo. Si Chime no está instalado (no aparece en la lista), probablemente hubo un error al especificar el buscador que Ud. está usando durante la instalación. Vuelva a ejecutar el instalador de Chime otra vez, y especifique cuidadosamente el buscador deseado cuando se le pregunte.

        Macintosh: Se le ofrecerá una lista de carpetas de "plugins". Ud. tiene que seleccionar la que corresponde a Netscape Communicator. Si no lo hace así, el instalador coloca Chime donde Netscape no lo encontrará, y el informe es "instalación con éxito".

    4. Una vez instalado Chime, debe abandonar/quit Netscape, y reiniciar Netscape. Macintosh: asegúrese de que sale de Netscape (no simplemente que cierra las ventanas), de forma que ya no se encuentra en el buscador, antes de reiniciarlo.

  4. ¿Existe una versión obsoleta de Chime instalada? Mientras se muestra la molécula de ATP , haga click sobre el logotipo de MDL (en el extremo inferior derecho), y a continuación vaya a "About..". Fíjese en el número de versión de Chime. En el momento de escribir esta ayuda (mayo 2004) la versión más reciente es 2.6 SP6. La versión Chime 2.6 SP6 (SP3 para Mac) o posterior es la recomendada.

    Para Internet Explorer en Windows ¡tiene forzosamente que actualizar a Chime 2.6 SP6 o posterior!

    Saber si necesita actualizar Chime depende de qué buscador está usando y que sitios Chime desea usar. Las siguientes versiones presentan problemas conocidos y deben actualizarse en cualquier caso: cualquier versión "1" o anterior ("0.9"), cualquier versión 2 "beta" , 2.0, 2.0.1, 2.0.2, 2.6, 2.6 con SP1-5. Son buenas versiones 2.0.3, 2.0a, y 2.6SP6. Protein Explorer comprueba la versión de Chime que está instalada y no continúa si su versión es demasiado antigua. (La versión más antigua de Chime compatible con Protein Explorer depende del buscador que esté usando) Si tiene que actualizar, descargue la versión en www.mdlchime.com.  

  5. Puntos críticos específicos de Macintosh

    1. Suministrar a Netscape suficiente memoria para Chime. (Esto no es un problema para Windows, siempre que su ordenador tenga al menos 32 megabytes de RAM.) Salga de Netscape. Localice el archivo de Netscape en su disco duro. Selecciónelo. Abra el menu archivo en el bsucador y seleccione Obtener información. El tamaño mínimo debe colocarse a 15000k, y el preferido debería ser 20000k. Si posee 64 MB o o más de RAM, ponga límites mayores. (Si no puede cambiar los ajustes de memoria, significa que no ha salido de Netscape.) (Nota: Ud. debe tener al menos 32 MB de RAM en su Mac para cargar imágenes grandes de Chime) Reinicie Netscape.

    2. Problema de memoria con Macintosh G4 1 Gig . El problema siguiente y sus soluciones fueron descritos en enero 2002 gracias a Michael Morales, Peter Walter, y James W. Caras. Chime 2.6SP3 no funciona con Macintosh G4's con >= 1 gigabyte de memoria cuando se usa OS 9.2. Existen dos soluciones. Una, use OS X, y Chime funcionará correctamente en el entorno clásico. Dos, quite físicamente alguna memoria hardware.

  6. ¿Se encuentra Chime instalado pero inactivo?

    1. En Macintosh PPC el síntoma es que PE intenta empezar, y aparecen 3 marcos, pero nunca aparece la molécula, y aparece un mensaje de error mostrado en la línea de estado en la parte inferior de la ventana. Si entra "javascript:" en la ventana de las direcciones, en la página inicial de PE, encontrará un error semejante a este:

      Javascript error:
      top-fr_chime.document.form_chime.chime_graphics01 has no properties

      Si aparece este problema, vaya a Activar Chime en Macintosh (Método I) abajo. Siempre soluciona el problema.

    2. Netscape: Examine la lista "Acerca de los conectores (plugins)" cuidadosamente (vea el "test ácido" más arriba) En la sección de Chime, mire en la última columna, "Enabled". Si todas las columnas dicen Enabled "Yes", Chime está activo. En particular, si alguna de estas filas pone "No" (disabled!), la mayor parte de los sitios Chime no funcionarán:

        application/x-spt | RASMol script | spt
        chemical/x-pdb | Brookhaven PDB | pdb,emb,embl

      Para algunos sitios Chime, otras columnas deben estar activas (por ejemplo, application/x-rasmol, xyz).

    3. ¿Por qué puede estar Chime inactivado? Algunas aplicaciones pueden redirigir tipos MIME críticos, por ejemplo pdb y spt a ellos mismos. Ejemplos son WebLab Viewer, y ChemDraw3D. En consecuencia, incapacitan a Chime para usar estos MIME. WebLab Viewer utiliza PDB pocas veces, de forma que no causa ningún problema a WebLab.

    4. Activar Chime en Windows: Re-instale Chime (aquí tiene un enlace para descargar el instalador de Chime). Las aplicaciones instaladas más recientemente utilizan los tipos MIME que necesitan.

      • Antes de re-instalar Chime, salga de Netscape e Internet Explorer. Una vez haya ejecutado el instalador, el buscador ya tendrá Chime cuando lo vuelva a abrir.

      • Una vez reinstalado Chime, su Netscape debe estar listo para funcionar -- pero su instalación deInternet Explorer puede que aún no funcione de forma que Protein Explorer tampoco funcione. Utilice el test de diagnóstico en la próxima etapa para averiguar que ocurre y poder arreglarlo si es necesario

       

    5. Activar Chime en Macintosh (Método I): Este método es el más recomendado. Casi siempre funciona. Vea también el problema de 1 gigabyte de memoria.

      • Asegúrese de que tiene a su disposición el programa de instalación de Netscape 4.7x/4.8x. Si no lo tiene, descárguelo.

      • Asegúrese de que tiene el instalador de Chime preparado. Si no lo tiene, descárguelo.

      • En el buscador, localice el archivo Macintosh HD:System Folder:Preferences:Netscape Users:[Su nombre de usuario]:Netscape Preferences

      • Lleve el archivo Netscape Preferences a la papelera, y vacíe la papelera.

      • Apague y reinicie con las extensiones inactivadas (mantenga mayúscula apretada mientras reinicia).

      • Reinstale Netscape. Si se le fuerza a reiniciar, reinicie con las extensiones desactivadas (mantenga mayúscula apretada mientras reinicia).

      • Reinstale Chime en Netscape.

      • Reinicie normalmente (extensiones activadas).

      • ¡Asegúrese de suministrar a Netscape memoria suficiente! (vea más abajo.)

    6. Activando Chime en Macintosh (Método II): Este método no se recomienda porque falla con frecuencia, en contraste con el método I anterior que normalmente soluciona el problema. Se añade aquí de forma adicional.

      Borre los tipos MIME relevantes del archivo de preferencias de Netscape. Esto fuerza a iniciar el archivo de preferencias al reiniciar Netscape. Siga estas etapas una vez iniciado Netscape:

      • En Netscape, despliegue el menú Edición, seleccione Preferencias.

      • Abra la carpeta aplicaciones de la opción navigator.

      • Seleccione chemical/x-gaussian-cube y apriete el botón de borrar.

      • Seleccione chemical/x-mdl-tgf y apriete el botón de borrar.

      • Seleccione chemical/x-csm y apriete el botón de borrar.

      • Seleccione chemical/x-pdb y apriete el botón de borrar.

      • Seleccione application/x-spt y apriete el botón de borrar.

      • Borre cualquier otro tipo MIME que piense que pueda necesitar.

      • Seleccione el botón OK para cerrar el menú de preferencias .

      • Salga de Netscape.

      • Reinicie Netscape.

      • ¡Asegúrese de suministrar a Netscape memoria suficiente! (vea más arriba.)

      A continuación vuelva a intentar el sitio Chime de su interés otra vez, o realice el test funcional descrito más arriba.


Si ha completado todas las etapas descritas arriba, y Chime o Protein Explorer siguen sin funcionar, por favor contacte con emartz@microbio.umass.edu suministrando la siguiente información:

  1. ¿Versión de su sistema operativo?
    Windows: (click botón derecho del ratón sobre Mi ordenador, Propiedades): 95, 98, NT, 2000, Me, XP, etc.?
    Macintosh (observe el mensaje durante el reinicio): OS 8.6? 9.0? Clásico en OSX? Etc.

  2. Macintosh: ¿Cuánta memoria tiene?

  3. Macintosh: ¿Cuánta memoria tiene Netscape? (ver arriba).

  4. ¿Qué buscador está usando?

  5. ¿Cuál es la versión de su buscador (incluyendo número SP para IE)?

  6. ¿Versión de Chime?

  7. Netscape: En "sobre los conectores", en Chime, ¿están todos los tipos MIME activados?

  8. ¿Puede ver la molécula de ATP, y el logotipo MDL cuando va a ATP? Si no lo ve, ¿Qué ve?

  9. Si tiene problemas con Protein Explorer, ¿está usando una copia descargada o una copia on-line? Para estar seguro, mire en la ventana cerca de la parte superior de su página inicial. ¿Empieza con "http" (on-line) o "archivo" (copia descargada)? Copie la URL completa de la ventana de la página inicial en su correo, por favor.

  10. Si Protein Explorer no es el problema, ¿cuál es la URL del sitio Chime que no funciona?

  11. ¿En qué momento empieza el fallo?

  12. ¿Qué mensajes de error aparecen?

  13. Si observa "javascript error" en la línea de estado de Netscape entre "javascript:"(con los dos puntos al final) en la ventana de direcciones, y copie el mensaje de error en el correo.

La razón más frecuente por la que no podemos ayudarle es porque no nos suministra suficiente información y detalles sobre su problema. Deme etapa por etapa y todos los detalles.


Gracias a Franklin Adler de MDL por la información sobre cómo reactivar Chime 2 en Macintosh; a Jean Holt de MDL por su ayuda y asesoramiento; a Bob Dickey de MDL por arreglar algunos problemas en la instalación de Chime; a Tim Driscoll por asesoramiento en Macintosh; y a Frieda Reichsman por su lectura crítica y sus correcciones.