Practica los cálculos

Ejercicios de autoevaluación sobre procedimientos básicos de cálculo en el laboratorio:
(se abren en una ventana nueva)

• Diluciones
• Conversión de unidades
• Absorbancia y concentración

Cibertorio: laboratorio virtual de biología molecular

Prestaciones:

• Digestión de DNA con enzimas de restricción (81 enzimas disponibles).
• Amplificación por PCR múltiplex de segmentos de DNA que incluyen marcadores polimórficos STR del CODIS (6 disponibles) y marcador del sexo.
• Electroforesis de fragmentos de DNA en gel de agarosa o poliacrilamida y revelado con bromuro de etidio.
• Secuenciación de DNA empleando didesoxinucleótidos y electroforesis. Marcado con un radioisótopo, con un fluorocromo o con 4 fluorocromos.
• PCR (en proyecto).

Posibles aplicaciones:

• Diagnóstico molecular mediante RFLP de polimorfismos genéticos.
• Análisis forense de DNA.
• Pruebas de paternidad mediante PCR múltiplex de marcadores genéticos STR polimórficos.
• Cartografía de restricción.

Información previa:

• Animación de electroforesis de ácidos nucleicos en gel
• Otra animación, explicando y simulando todo el proceso

Consulta también la bibliografía

Guiones de trabajo:

1. Polimorfismo β^A/β^S en el gen de globina beta, causante de la drepanocitosis y la anemia drepanocítica (anemia de células falciformes):

   1A		Ensayo de enzimas de restricción para analizar este polimorfismo mediante RFLP.
   		Grupos de enzimas adecuados para la práctica.
   		Preguntas de evaluación de los resultados: para trabajo guiado (imprimir y rellenar y, posiblemente, entregar al profesor) para trabajo autónomo (con autoevaluación).
   1B		Diagnóstico genético molecular del polimorfismo mediante RFLP.
   		Preguntas de evaluación de los resultados: para trabajo guiado (imprimir y rellenar y, posiblemente, entregar al profesor) para trabajo autónomo (con autoevaluación).
   1C		Secuenciación de DNA para analizar este polimorfismo (método de los didesoxinucleótidos).
   		Preguntas de evaluación de los resultados: para trabajo guiado (imprimir y rellenar y, posiblemente, entregar al profesor) para trabajo autónomo (con autoevaluación).
   1D		Introducción a las bases de datos de secuencia genómica y análisis de secuencias relacionadas con este polimorfismo.

2. Análisis de paternidad mediante PCR múltiplex de marcadores STR.
        Guión simple.

Acceso:

Acceso al laboratorio virtual.

Bibliografía:

• Libros de texto diversos.
• “Texto Ilustrado de Biología Molecular e Ingeniería Genética”. José Luque y Angel Herráez. Ediciones Harcourt (Elsevier España), 2001. Págs. 235-237 y 381-383.
• “Marcadores moleculares: qué son, cómo se obtienen y para qué valen”. M. Gonzalo Claros Díaz , Universidad de Málaga.
• “Estrategias en el diagnóstico molecular de las enfermedades hereditarias”. Joan Fibla Palazón, Dep. Ciencias Médicas Básicas, Fac. Medicina, Universidad de Lérida:
  • Herramientas y metodologías para la detección de mutaciones: enzimas de restricción, separación electroforética.
  • Secuencias polimórficas: polimorfismos del tamaño de los fragmentos de restricción, aplicación en el diagnóstico indirecto de enfermedades hereditarias.

Simulador de electroforesis de proteínas sobre acetato de celulosa

Prestaciones:

• Electroforesis de proteínas séricas o de isoenzimas de LDH sobre acetato de celulosa.
• Se observa sólo el resultado final.
• Revelado con azul de Coomassie, con negro amido o con rojo Ponceau, o mediante autorradiografía (para proteínas séricas).
• Revelado enzimático para LDH.
• Una sola muestra cada vez.
• Perfiles predefinidos: normales y patológicos, o bien perfil a petición en función de las proporciones de cada componente que se indiquen.
• Trazado automático de la imagen de bandas sobre la tira de acetato y de su densitograma. Posibilidad de superponer densitogramas sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Interpretación clínica de perfiles de proteínas séricas.
• Perfil diferencial de isoenzimas de LDH en diferentes tejidos.
• Interpretación clínica de perfiles isoenzimáticos de LDH.

Acceso:

Acceso al simulador para proteínas séricas y para isoenzimas LDH.

Simulador de electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS (SDS-PAGE)

Prestaciones:

• Electroforesis de proteínas en gel de poliacrilamida con SDS; revelado directo.
• Varias concentraciones de acrilamida disponibles: 7,5; 10; 12 y 15%.
• 4 voltajes disponibles para el desarrollo de la separación.
• Una calle para patrones y otra para muestra.
• 7 proteínas patrón de tamaño conocido y 10 muestras problema (con una sola proteína).
• Se observa el avance de la separación.
• Trazado automático de la recta de calibrado e interpolación dirigida.

Posibles aplicaciones:

• Determinación de masa molecular de las proteínas problema.

Guiones de trabajo:

Ejercicio 1: influencia de la diferencia de potencial aplicada.

Ejercicio 2: influencia de la concentración de acrilamida.

Ejercicio 3: determinación de la masa molecular de proteínas problema.

Ejercicio 4: determinación de estructura cuaternaria (I).

Ejercicio 5: determinación de estructura cuaternaria (II).

Acceso:

Acceso al simulador.

Simulador de espectros de absorción ultravioleta de proteínas y ácidos nucleicos  

Prestaciones:

• Espectro de absorción entre 230 y 340 nm de proteínas y DNA.
• Valores de absorbancia a 260 y 280 nm, y cociente entre ambas.
• Perfiles predefinidos: proteínas, DNA y cuatro mezclas de ejemplo.
• Perfiles a petición en función de las proporciones de cada tipo de molécula que se indiquen.
• Posibilidad de superponer espectros sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Demostración del valor analítico de la técnica para evaluar la contaminación de DNA por proteínas o viceversa.

Acceso:

Acceso al simulador.

Simulador de espectros de dicroísmo circular de proteínas  

Prestaciones:

• Espectro de DC entre 173 y 250 nm.
• Se observa sólo el resultado final.
• Perfiles predefinidos: alfa, beta, giro, aleatoria y cuatro proteínas de ejemplo.
• Perfiles a petición en función de las proporciones de cada tipo de estructura secundaria que se indiquen.
• Posibilidad de superponer espectros sucesivos para compararlos.

Posibles aplicaciones:

• Demostración del valor analítico de la técnica de dicroísmo circular para diferenciar los distintos tipos de estructura secundaria de proteínas.
• Predicción de espectros de dicroísmo.

Acceso:

Acceso al simulador.

En proyecto:

• Ideas para módulos futuros:
  • Mapas peptídicos
  • Cromatografía
  • Intervalo de resolución en electroforesis
  • Formación de gradientes continuos (centrifugación, electroforesis)

Si estás interesado en colaborar en la construcción de alguno de estos laboratorios virtuales, o aportar ideas para nuevos guiones, envía un mensaje electrónico.